FFPE樣本不斷發展，即福爾馬林固定石蠟包埋組織樣本更優質。在臨床研究中組織離體后服務延伸，其原有的形態(tài)功能很難完整地保存求得平衡，因此通過甲醛固定以及石蠟包埋的方式可以最大限度地保存樣本的完整性以及生物大分子的完整性有所提升，因此FFPE樣本也成為了臨床蛋白質(zhì)組學(xué)研究的寶貴資源是目前主流。但是目前FFPE樣本蛋白組學(xué)樣本制備仍存在著標(biāo)準(zhǔn)化程度低傳承、效率低發揮、重復(fù)性低和擴(kuò)展性差等問題組織了，靶點(diǎn)科技給您介紹一種FFPE樣本蛋白組學(xué)樣本制備新方法 ---Covaris 自動(dòng)聲波聚焦技術(shù)服務體系。

Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法-FFPE樣本蛋白提取新方法

近期，Dylan M. Marchione等人在Journal of Proteome Research上發(fā)表了題為“HYPERsol: High-Quality Data from Archival FFPE Tissue for Clinical Proteomics"的文章搶抓機遇，該文章報(bào)道了一種高產(chǎn)蛋白質(zhì)提取和直接溶解回收的方法-HYPERsol分析，是一種Covaris AFA超聲和S-Trap樣品處理的優(yōu)化工作流程，能夠使FFPE樣品的蛋白質(zhì)組覆蓋率和量化程度達(dá)到與新鮮冰凍組織相當(dāng)?shù)乃健?/span>

FFPE樣品蛋白質(zhì)提取的工作流程分為三個(gè)基本步驟：提取全面闡釋、組織均質(zhì)化和蛋白質(zhì)回收非常激烈。評估了兩種可選擇的組織提取策略：二甲苯-乙醇脫蠟（用 "X "表示），直接溶解于5%的SDS水溶液（用 "D "表示）引人註目；比較了兩種均質(zhì)化技術(shù)：探針超聲處理（用 "P "表示）和AFA超聲處理（用 "U "表示）註入新的動力；比較了兩種下游分析的蛋白質(zhì)回收技術(shù)：甲醇-氯仿沉淀（以 "M "命名）和S-Trap樣品處理（以 "S "命名）基石之一。進(jìn)行多種處理組合實(shí)驗(yàn)（圖1）廣泛關註。

圖1. 多種處理組合實(shí)驗(yàn)表顯著。FFPE處理激發創作，傳統(tǒng)：二甲苯-乙醇技術創新，探頭應用的選擇，甲醇-氯仿意料之外；HYPERsol：SDS溶解應用領域，AFA超聲，S-Trap創造。新鮮冰凍處理顯示，F(xiàn)PS：冰凍技術的開發，探頭全面協議，S-Trap；FUS：冰凍具體而言，超聲工具，S-Trap。

Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法提高了FFPE樣品的覆蓋深度

首先技術創新，作者用質(zhì)譜檢測了多種處理組合的人類肝臟樣品綠色化發展，發(fā)現(xiàn)相較于傳統(tǒng)(“XPM")的FFPE樣品處理有效性，HYPERsol (“DUS")的結(jié)果是多識別11211種(37%)肽類和644種(24%)蛋白質(zhì)組更合理，接近于新鮮冰凍樣品檢測深度(“FPS")著力提升。相較于傳統(tǒng)工作流程改造層面，DPS和HYPERsol的平均蛋白質(zhì)序列覆蓋率均有顯著提高，從20.0%到23.9%（圖2）科技實力。

圖2. 相較于傳統(tǒng)的工作流程註入了新的力量，HYPERsol提高了FFPE樣本的蛋白覆蓋深度更適合。a 新鮮肝臟樣品被制作成新鮮冰凍樣品或FFPE樣品核心技術。b 實(shí)驗(yàn)條件表。c調整推進、d 不同條件下的肽類和蛋白質(zhì)組數(shù)量鑒定調解製度。e 不同條件下蛋白質(zhì)序列覆蓋率的密度圖具有重要意義。星號：與FPS相比善謀新篇；n = 3保供；* ：p < 0.05，** ：p < 0.01保護好，*** ：p < 0.001組建。

Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法提取FFPE蛋白質(zhì)與新鮮冰凍組織相媲美

接下來，作者評估了FFPE樣本中提取的蛋白質(zhì)與冰凍組織中提取的蛋白質(zhì)的差異程度系列。蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)集的皮爾遜相關(guān)系數(shù)顯示作用，HYPERsol(FFPE)數(shù)據(jù)集與FUS(冰凍)數(shù)據(jù)集非常相似相互配合，平均相關(guān)系數(shù)達(dá)0.936慢體驗，顯著高于傳統(tǒng)方法與FUS相似性(0.852)≈悄芑?；鹕綀D表明科技實力，“HYPERsol與FUS處理"的蛋白質(zhì)組的相對豐度差異顯著小于“傳統(tǒng)和FUS處理"蛋白質(zhì)組的相對豐度差異，HYPERsol法處理FFPE樣本更能真實(shí)還原原始組織的組成(圖3)建設≡诖嘶A上？傮w而言，利用HYPERsol法從FFPE樣本中提取蛋白質(zhì)與從冰凍組織中提取蛋白質(zhì)的水平相媲美姿勢！

圖3. HYPERsol產(chǎn)生的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)與新鮮冰凍組織相似相互融合。b、c不同條件下肽類和蛋白質(zhì)組的數(shù)量鑒定綠色化。n = 3不同需求；星號：與HYPERsol相比；* ：p < 0.05保持穩定，** ：p < 0.01總之，*** ：p < 0.001。d 散點(diǎn)圖描述了每個(gè)實(shí)驗(yàn)條件的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)與FUS數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性支撐作用，R值：皮爾遜相關(guān)系數(shù)研學體驗。e 相關(guān)矩陣描述了所有成對運(yùn)行比較中的皮爾遜相關(guān)系數(shù)。f最為突出、g 火山圖比較了傳統(tǒng)和FUS條件下落實落細、HYPERsol和FUS條件下檢測到的蛋白質(zhì)的相對豐度差異。

FFPE存檔樣本蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定成為可能

以上重要意義，作者證實(shí)了HYPERsol法在FFPE樣本的蛋白質(zhì)提取中占據(jù)重要優(yōu)勢自行開發。此外，作者對以往難以診斷的惡性外周神經(jīng)鞘膜瘤(MPNST)強大的功能，以及與其難以區(qū)分的黑色素瘤和滑膜肉瘤進(jìn)行分析認為，發(fā)現(xiàn)HYPERsol法特別適合于鑒定新的免疫組織化學(xué)(IHC)標(biāo)記服務好，以促進(jìn)組織形態(tài)學(xué)非特異的腫瘤診斷。

作者利用HYPERsol法提取32個(gè)存檔的FFPE腫瘤樣本反應能力，質(zhì)譜分析共鑒定到6123個(gè)蛋白質(zhì)組共謀發展，分析顯示，近90%在3種腫瘤中均被檢測到結構重塑，數(shù)字統(tǒng)計(jì)上表現(xiàn)出鑒定標(biāo)志物區(qū)分類似腫瘤的困難聽得懂，當(dāng)然每類腫瘤中也均檢測到特異性的蛋白質(zhì)，這些蛋白質(zhì)與已知的蛋白質(zhì)表達(dá)特征基本一致高質量發展。

研究還發(fā)現(xiàn)了其余幾種腫瘤類型特異性的蛋白質(zhì)(MPNST中有103種全方位，黑色素瘤中有114種，滑膜肉瘤中有43種)影響力範圍，其中包括已知的黑色素瘤標(biāo)志物酪氨酸酶大局，僅在黑色素瘤(9/10)中被檢測到，以及ICAM5蛋白僅在滑膜肉瘤(9/9)中檢測到邁出了重要的一步，其他腫瘤中未被檢測到有序推進，新發(fā)現(xiàn)的這些標(biāo)志物，有望作為診斷中具有挑戰(zhàn)性腫瘤的有效IHC標(biāo)記(圖4)積極拓展新的領域！

圖4. HYPERsol使FFPE存檔組織樣本的蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定成為可能配套設備。a?c 惡性外周神經(jīng)鞘膜瘤、黑色素瘤和滑膜肉瘤的H&E染色相對開放。d 3種腫瘤類型中識別的蛋白質(zhì)組數(shù)箱圖推進高水平。e 3種腫瘤類型之間檢測到的蛋白質(zhì)重疊維恩圖。f 散點(diǎn)圖拓展應用，描繪標(biāo)本的儲存期與已確定的蛋白質(zhì)組數(shù)之間的關(guān)系生產創效。虛線表示具有95%可信區(qū)間的最佳擬合線；R值和P值基于皮爾遜與乘積矩相關(guān)性關註度。g橫向協同、h MPNST和黑色素瘤、黑色素瘤和滑膜肉瘤中差異蛋白表達(dá)的火山圖敢於挑戰。I-k TYR不斷創新、TLE1和ICAM5在3種腫瘤中的豐度表達(dá)。* : p<0.001提供了遵循，** : p<0.0001參與水平。

總結(jié)

HYPERsol法對FFPE組織進(jìn)行高度可重復(fù)的蛋白質(zhì)提取大型，將蛋白提取結(jié)果提升至新鮮冰凍組織的水平。該法先將樣品直接溶于SDS中明確相關要求，避免了去石蠟化的需要重要意義，從而提高了樣品的產(chǎn)量；后通過Covaris S220 聚焦超聲處理深化涉外，裂解組織樣品體系，充分釋放蛋白質(zhì)，保護(hù)其生物大分子活性不被破壞開展試點，同時(shí)也消除了樣品與超聲處理探針接觸而造成交叉污染的可能性攜手共進；最后，使用S-Traps進(jìn)行蛋白質(zhì)回收和下游樣品制備遠(yuǎn)優(yōu)于用甲醇-氯仿沉淀推進一步，因其不需要沉淀和溶解蛋白質(zhì)經過。這種結(jié)合Covaris AFA超聲處理的新穎方法，能更好的裂解組織細(xì)胞力度，釋放豐富的蛋白種類及數(shù)量明確了方向，更加釋放了科學(xué)研究的無限可能！

隨著Covaris AFA超聲處理和S-Trap樣品處理的96孔板的出現(xiàn)業務指導，HYPERsol將適用于臨床標(biāo)本的自動(dòng)化改進措施、高通量分析。HYPERsol工作流程有望使豐富的臨床注釋和組織學(xué)特征的FFPE生物庫中的新發(fā)現(xiàn)成為可能還不大，從而幫助開創(chuàng)一個(gè)臨床蛋白質(zhì)組學(xué)的新時(shí)代高產！

參考文獻(xiàn)：Dylan M. Marchione, et al. HYPERsol: High-Quality Data from Archival FFPE Tissue for Clinical Proteomics. J. Proteome Res. 2020, 19(2): 973-983.

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